وأجريت الانتخابات الرئاسية في إندونيسيا في 5 يوليو / تموز 2004 ، وجرت الجولة الثانية في 20 سبتمبر / أيلول. كانت أول انتخابات رئاسية مباشرة في البلاد. قبل تعديل عام 2002 لدستور إندونيسيا ، كان الرئيس ونائب الرئيس قد انتخبا من قبل مجلس شورى الشعب.

بموجب التعديل الجديد ، يتم انتخاب زوج من المرشحين لتولي المنصب بعد حصوله على أكثر من 50٪ من الأصوات على المستوى الوطني بما لا يقل عن 2٪ من الأصوات في أكثر من نصف مقاطعات إندونيسيا. إذا لم يحصل أي زوج على عدد الأصوات المطلوب ، فستستمر الانتخابات في الجولة الثانية مع حصول الأزواج على أعلى وثاني أكبر عدد من الأصوات. تنص اللوائح الإضافية التي وضعتها لجنة الانتخابات العامة (KPU) على أنه يجب ترشيح كل زوج من قبل حزب سياسي أو ائتلاف أحزاب حصل على ما لا يقل عن 5٪ من الأصوات الشعبية أو 3٪ من المقاعد لمجلس نواب الشعب (DPR) في الانتخابات التشريعية في أبريل.

أدت الرئيسة الحالية ميغاواتي سوكارنوبوترى اليمين الدستورية فى عام 2001 بعد أن اتهمت الهيئة التشريعية سلفها الرئيس عبد الرحمن وحيد (المعروف باسم "جوس دور") من منصبه. اعترض أربعة مرشحين على محاولة إعادة انتخاب ميجاواتى ، من بينهم نائب الرئيس الحالى حمزة هاز. في الجولة الأولى ، تلقى عضو مجلس الوزراء السابق والجنرال المتقاعد سوسيلو بامبانج يودويونو عددًا كبيرًا من الأصوات الصحيحة المقدمة ، تليها ميجاواتى. هزم يودويونو في النهاية ميجاواتي بنسبة 60.62٪ من الأصوات الصحيحة في الجولة الثانية. تم تنصيبه الرئيس السادس لإندونيسيا في 20 أكتوبر 2004.