La masacre de Khan Yunis tuvo lugar el 3 de noviembre de 1956 en la ciudad palestina de Khan Yunis y en el cercano campo de refugiados del mismo nombre en la Franja de Gaza durante la crisis de Suez.

Según Benny Morris, durante una operación de las Fuerzas de Defensa de Israel para reabrir el Estrecho de Tirán bloqueado por Egipto, los soldados israelíes dispararon contra doscientos palestinos en Khan Yunis y Rafah. Según The Fateful Triangle de Noam Chomsky, citando a Donald Neff, 275 palestinos fueron asesinados en una brutal búsqueda casa por casa de fedayines (mientras que otros 111 fueron asesinados en Rafah). Las autoridades israelíes dicen que los soldados de las FDI se encontraron con militantes locales y estalló una batalla. El coronel de las FDI Meir Pa'il dijo a Associated Press: "Nunca hubo un asesinato de tal grado. Nadie fue asesinado. Yo estuve allí. No sé de ninguna masacre".