Le Honduras était habité par de nombreux peuples autochtones lorsque les Espagnols sont arrivés au 16ème siècle. La partie centre-ouest du Honduras était habitée par les Lencas, la côte centrale nord par les Tol, la région à l'est et à l'ouest de Trujillo par les Pech (ou Paya), les Mayas et les Sumo. Ces groupes autonomes entretenaient des relations commerciales entre eux et avec d'autres populations aussi éloignées que le Panama et le Mexique. Le Honduras possède des ruines de plusieurs villes datant de la période préclassique mésoaméricaine qui témoignent du passé précolombien du pays.

Pour l'arrivée des Espagnols, de nouvelles villes ont été fondées telles que Trujillo, Comayagua, Gracias et Tegucigalpa. À partir de l'ère coloniale, le territoire de ce qui est aujourd'hui le Honduras était dédié à la récolte, à l'exploitation minière et à l'élevage. Après son indépendance de l'empire espagnol en 1821, l'Amérique centrale rejoindra pour une très courte période le premier empire mexicain, qui tombera en 1823 et la fédération centraméricaine sera créée, qui tombera en 1839. Après cela, le territoire hondurien est devenu une nation indépendante.