西班牙征服纳瓦拉的伊比利亚部分由阿拉贡的斐迪南二世发起，并由他的孙子和继任者查理五世在 1512 年至 1524 年的一系列军事行动中完成。斐迪南于 1512 年成为阿拉贡国王和卡斯蒂利亚摄政王. 当教皇朱利叶斯二世在 1511 年末宣布对法国成立神圣同盟时，纳瓦拉试图保持中立。斐迪南以此为借口进攻纳瓦拉，在其潜在的保护者法国被英格兰、威尼斯和斐迪南自己的意大利军队包围时征服了它。

在卡斯蒂利亚入侵后，曾多次尝试重新征服伊比利亚纳瓦拉。 1516 年进行了一次半心半意的尝试，1521 年进行了全面的法国-纳瓦拉战役。所有尝试都被西班牙人击败，冲突在 1528 年停止，当时西班牙军队从比利牛斯山脉以北的下纳瓦拉撤退。 1529 年西班牙和法国之间的康布雷条约确定了纳瓦拉沿比利牛斯山脉的分裂。

被卡斯蒂利亚吞并的部分也被称为上纳瓦拉，而比利牛斯山脉以北的部分，也被称为下纳瓦拉，仍然是一个独立的王国，由阿尔布雷特家族统治，并与法国保持着密切的联系。该王国在 1589 年后与法国联合，并于 1620 年并入法国。1790 年不再作为行政区划存在。