1864年的第三次南京战役是清朝太平天国起义的最后一次重大交战。随着太平天国首都南京（今南京）的陷落，叛乱告一段落。湘军是清朝委托的无薪民兵，失去了所有纪律，对被视为“造反者”的南京平民进行了大规模的随机谋杀、战时强奸、抢劫和纵火。湘军总司令曾国藩报告称，10万“叛军”阵亡。

太平天国起义，又称太平天国内战或太平天国革命，是满清王朝与汉族客家领导的太平天国之间在中国发动的大规模叛乱和内战。它从 1850 年持续到 1864 年，尽管在天津（今南京）沦陷后，最后一支叛军直到 1871 年 8 月才被歼灭，叛乱将引发进一步的起义，例如 1903 年短暂的大明顺天国，直接受到太平天国的启发。在经历了世界历史上最血腥的内战，造成 20 到 3000 万人死亡后，已成立的清政府果断获胜，尽管其财政和政治结构付出了巨大的代价。

起义的指挥者是洪秀全，他是一个客家人（汉族亚群），自称是耶稣基督的兄弟。它的目标本质上是宗教的、民族主义的和政治的。洪寻求汉人皈依太平天国的基督教，推翻满清领导的清朝，并进行国家转型。太平天国并没有取代统治阶级，而是试图颠覆中国的道德和社会秩序。太平天国将天国建立为以天津为基地的对立国家，并控制了中国南方的大部分地区，最终扩大到拥有近 3000 万人口的基础。

十多年来，太平军在长江中下游大部分地区占领并作战，最终演变为全面内战。这是明清转型以来中国规模最大的一场战争，涉及中国中南部大部分地区。它被列为人类历史上最血腥的战争之一、最血腥的内战和 19 世纪最大的冲突。就死亡人数而言，内战堪比第一次世界大战。3000万人逃离被征服地区，逃往外国定居点或中国其他地区。这场战争的特点是双方都极其残暴。太平天国士兵对执政的爱新觉罗皇室的少数民族满族进行了广泛的屠杀。与此同时，清政府也进行了大屠杀，尤其是针对太平天国首都南京的平民。

由于未遂政变（天津事件）和围攻北京的失败，太平军被曾国藩指挥的湘军等分散的非正规军队击败。 1862 年 5 月，曾氏湘军沿长江下移，收复重镇安庆后，围攻南京。两年后，即 1864 年 6 月 1 日，洪秀全阵亡，南京在第三次南京战役中陷落，勉强一个月后。 14年的内战，以及大约同时发生的其他内战和外战，极大地削弱了清朝，不到50年，清朝就崩溃了。它加剧了宗派紧张局势并加速了地方主义的兴起，因为叛乱和清政府都依靠称为团联的民兵团，预示着军阀时代，随后又一个客家人孙中山在 1911 年推翻了清政府辛亥革命，但在中华民国成立后袁世凯死后未能控制这些地方民兵组织。