立陶宛的大屠杀导致立陶宛犹太人（Litvaks）和波兰犹太人几乎完全被摧毁，他们居住在纳粹控制的立陶宛苏维埃社会主义共和国东部帝国总督府的利陶恩将军城。在大约 208,000–210,000 名犹太人中，估计有 190,000–195,000 人在二战结束前被谋杀，大部分发生在 1941 年 6 月至 1941 年 12 月之间。立陶宛 95% 以上的犹太人在德国占领的三年中遭到屠杀——比比任何其他受大屠杀影响的国家都要彻底毁灭。历史学家将此归因于非犹太地方准军事组织在种族灭绝中的大规模合作，尽管这种合作的原因仍有争议。大屠杀在如此短的时间内造成了立陶宛历史上最大的生命损失。在德国入侵后的头几周，在纳粹德国占领的苏联西部地区发生的事件，包括立陶宛标志着大屠杀的急剧加剧。立陶宛大屠杀的一个重要组成部分是，占领的纳粹德国政府通过将一年前苏联政权最近吞并立陶宛归咎于犹太社区来煽动反犹太主义。另一个重要因素是纳粹的设计在很大程度上借鉴了纳粹占领政权的立陶宛当地合作者的实际组织、准备和执​​行命令。截至 2020 年，立陶宛大屠杀的主题和所扮演的角色种族灭绝中的立陶宛人，包括几位着名的立陶宛民族主义者，仍然存在争议。