بدأ الاحتلال العسكري لتشيكوسلوفاكيا من قبل ألمانيا النازية بضم ألمانيا لسوديتنلاند في عام 1938 ، واستمر مع إنشاء محمية بوهيميا ومورافيا ، وبحلول نهاية عام 1944 امتد إلى جميع أنحاء تشيكوسلوفاكيا.

بعد ضم النمسا إلى ألمانيا النازية في مارس 1938 وبعد حصوله على اتفاقية ميونيخ في سبتمبر 1938 ، قام أدولف هتلر بضم الألمان العرقيين الذين يعيشون في المناطق التشيكية. كان فقدان Sudetenland ضارًا بالدفاع عن تشيكوسلوفاكيا حيث كانت تحصينات الحدود التشيكوسلوفاكية الواسعة تقع أيضًا في نفس المنطقة. نتيجة لذلك ، فإن اندماج سوديتنلاند في ألمانيا الذي بدأ في 1 أكتوبر 1938 ترك بقية تشيكوسلوفاكيا ضعيفة. علاوة على ذلك ، تم احتلال جزء صغير شمال شرقي من المنطقة الحدودية المعروفة باسم زاولزي وضمها إلى بولندا ظاهريًا "لحماية" المجتمع البولندي العرقي المحلي ونتيجة للمطالبات الإقليمية السابقة (النزاعات التشيكية البولندية في سنوات 191820). علاوة على ذلك ، من خلال جائزة فيينا الأولى ، تلقت المجر الأراضي الجنوبية لسلوفاكيا و Carpathian Ruthenia ، والتي كان يسكنها إلى حد كبير المجريون.

كما تم إعلان الدولة السلوفاكية في 14 مارس ، في اليوم التالي احتلت المجر وضمت ما تبقى من روثينيا الكارباتية. في 15 مارس 1939 ، أثناء زيارة إلى برلين ، تعرض الرئيس التشيكوسلوفاكي إميل حشا للتخويف للتوقيع على استقلال بلاده. في 16 مارس 1939 ، أعلن هتلر محمية بوهيميا ومورافيا من قلعة براغ ، تاركًا Hcha كرئيس تقني للدولة بلقب رئيس الدولة. ومع ذلك ، فقد أصبح الجميع عاجزين ؛ تم التنازل عن السلطة الحقيقية في Reichsprotektor ، الذي شغل منصب الممثل الشخصي لهتلر. في مارس 1944 ، أثناء عملية مارغريت ، احتلت ألمانيا المجر ، بينما بدأت في نهاية أغسطس 1944 مع الانتفاضة الوطنية السلوفاكية ، شاركت سلوفاكيا نفس المصير. انتهى الاحتلال باستسلام ألمانيا بعد الحرب العالمية الثانية. خلال الاحتلال الألماني ، قُتل ما بين 294.000 إلى 320.000 مواطن (بما في ذلك اليهود ، وهم يشكلون معظم الضحايا). كانت الأعمال الانتقامية قاسية بشكل خاص في أعقاب اغتيال راينهارد هايدريش (مثل مذبحة ليديس الشائنة والمنشورة على نطاق واسع). تمت صياغة أعداد كبيرة من الأشخاص للعمل بالسخرة في ألمانيا.

انتفاضة براغ (التشيكية: Pražské povstání) كانت محاولة ناجحة جزئياً من قبل المقاومة التشيكية لتحرير مدينة براغ من الاحتلال الألماني في مايو 1945 ، في نهاية الحرب العالمية الثانية. غذت السنوات الست السابقة من الاحتلال المشاعر المعادية لألمانيا ، كما أن نهج الجيش الأحمر السوفيتي والجيش الأمريكي الثالث قدم فرصة للنجاح.

في 5 مايو 1945 ، في اللحظات الأخيرة من الحرب في أوروبا ، هاجم المواطنون التشيكيون المحتلين الألمان بشكل عفوي وخرج قادة المقاومة التشيكية من الاختباء للانضمام إلى الانتفاضة. انشق جيش التحرير الروسي ، الذي كان يقاتل من أجل الألمان ، ودعم التشيك. هاجمت القوات الألمانية هجومًا مضادًا ، لكن تقدمهم تباطأ بسبب المتاريس التي أقامها المواطنون التشيكيون. في 8 مايو ، وقع القادة التشيكيون والألمان وقف إطلاق النار الذي يسمح للقوات الألمانية بالانسحاب من المدينة ، ولكن لم تمتثل جميع وحدات Waffen-SS. استمر القتال حتى 9 مايو ، عندما دخل الجيش الأحمر المدينة المحررة تقريبًا.

كانت الانتفاضة وحشية ، حيث ارتكب الجانبان جرائم حرب. استخدم الجانب الألماني المدنيين التشيك كدروع بشرية وارتكب مذابح. استمر العنف ضد المدنيين الألمان ، الذي أقرته الحكومة التشيكوسلوفاكية ، بعد التحرير ، وتم تبريره على أنه انتقام للاحتلال أو كوسيلة لتشجيع الألمان على الفرار. أمر الجنرال دوايت أيزنهاور الجيش الأمريكي الثالث لجورج باتون بعدم تقديم المساعدة للمتمردين التشيك ، الأمر الذي قوض مصداقية القوى الغربية في تشيكوسلوفاكيا ما بعد الحرب. بدلاً من ذلك ، تم تقديم الانتفاضة كرمز للمقاومة التشيكية للحكم النازي ، واستخدم الحزب الشيوعي التشيكوسلوفاكي التحرير من قبل الجيش الأحمر لزيادة الدعم الشعبي للحزب.