A ocupação militar da Tchecoslováquia pela Alemanha nazista começou com a anexação alemã dos Sudetos em 1938, continuou com a criação do Protetorado da Boêmia e Morávia e, no final de 1944, estendeu-se a todas as partes da Tchecoslováquia.

Após o Anschluss da Áustria à Alemanha nazista em março de 1938 e depois de obter o Acordo de Munique em setembro de 1938, Adolf Hitler anexou os alemães étnicos que viviam nas regiões tchecas. A perda dos Sudetos foi prejudicial para a defesa da Tchecoslováquia, pois as extensas fortificações fronteiriças da Tchecoslováquia também estavam localizadas na mesma área. Como consequência, a incorporação dos Sudetos na Alemanha, que começou em 1º de outubro de 1938, deixou o resto da Tchecoslováquia fraco. Além disso, uma pequena parte nordeste da região fronteiriça conhecida como Zaolzie foi ocupada e anexada à Polônia ostensivamente para "proteger" a comunidade étnica polonesa local e como resultado de reivindicações territoriais anteriores (disputas tcheco-polonesas nos anos de 191820). Além disso, pelo Primeiro Prêmio de Viena, a Hungria recebeu os territórios do sul da Eslováquia e da Rutênia dos Cárpatos, que eram amplamente habitados por húngaros.

Como o Estado Eslovaco foi proclamado em 14 de março, no dia seguinte a Hungria ocupou e anexou o restante da Rutênia dos Cárpatos. Em 15 de março de 1939, durante uma visita a Berlim, o presidente da Tchecoslováquia Emil Hcha foi intimidado a assinar a independência de seu país. Em 16 de março de 1939, Hitler proclamou o Protetorado da Boêmia e Morávia do Castelo de Praga, deixando Hcha como chefe técnico de Estado com o título de Presidente do Estado. No entanto, ele ficou quase impotente; o poder real foi investido no Reichsprotektor, que serviu como representante pessoal de Hitler. Em março de 1944, durante a Operação Margarethe, a Hungria foi ocupada pela Alemanha, enquanto a partir do final de agosto de 1944 com a Revolta Nacional Eslovaca, a Eslováquia compartilhou o mesmo destino. A ocupação terminou com a rendição da Alemanha após a Segunda Guerra Mundial. Durante a ocupação alemã, entre 294.000 e 320.000 cidadãos (incluindo judeus, constituindo a maioria das vítimas) foram assassinados. As represálias foram especialmente duras após o assassinato de Reinhard Heydrich (por exemplo, o infame e amplamente divulgado massacre de Lidice). Um grande número de pessoas foi convocado para o trabalho escravo na Alemanha.

A revolta de Praga (em tcheco: Pražské povstání) foi uma tentativa parcialmente bem-sucedida da resistência tcheca de libertar a cidade de Praga da ocupação alemã em maio de 1945, no final da Segunda Guerra Mundial. Os seis anos anteriores de ocupação alimentaram o sentimento anti-alemão e a aproximação do Exército Vermelho soviético e do Terceiro Exército dos EUA oferecia uma chance de sucesso.

Em 5 de maio de 1945, nos últimos momentos da guerra na Europa, os cidadãos tchecos atacaram espontaneamente os ocupantes alemães e os líderes da resistência tcheca saíram do esconderijo para se juntar à revolta. O Exército de Libertação da Rússia, que lutava pelos alemães, desertou e apoiou os tchecos. As tropas alemãs contra-atacaram, mas seu progresso foi retardado por barricadas construídas pelos cidadãos tchecos. Em 8 de maio, os líderes tchecos e alemães assinaram um cessar-fogo permitindo que as forças alemãs se retirassem da cidade, mas nem todas as unidades Waffen-SS obedeceram. Os combates continuaram até 9 de maio, quando o Exército Vermelho entrou na cidade quase libertada.

A revolta foi brutal, com ambos os lados cometendo crimes de guerra. O lado alemão usou civis tchecos como escudos humanos e cometeu massacres. A violência contra civis alemães, sancionada pelo governo da Checoslováquia, continuou após a libertação e foi justificada como vingança pela ocupação ou como meio de encorajar os alemães a fugir. O Terceiro Exército dos EUA de George Patton foi ordenado pelo general Dwight Eisenhower a não ajudar os insurgentes tchecos, o que minou a credibilidade das potências ocidentais na Tchecoslováquia do pós-guerra. Em vez disso, a revolta foi apresentada como um símbolo da resistência tcheca ao domínio nazista, e a libertação pelo Exército Vermelho foi usada pelo Partido Comunista da Tchecoslováquia para aumentar o apoio popular ao partido.