巴拿马运河铁路（西班牙语：Ferrocarril de Panamá）是一条连接大西洋和中美洲太平洋的铁路线。这条路线全长 47.6 英里（76.6 公里），横跨巴拿马地峡，从科隆（大西洋）到巴尔博亚（太平洋，靠近巴拿马城）。由于路线的恶劣物理条件和技术状态，该建设被誉为国际工程成就，耗资 800 万美元，估计有 5,000 至 10,000 名工人丧生。这条铁路于 1855 年开通，比巴拿马运河早了半个世纪。这条铁路在 1900 年代初期协助运河的建设中起到了至关重要的作用。随着运河的开通，铁路的路线因加通湖的形成而改变，淹没了原路线的一部分。二战后，铁路的重要性下降，其中大部分处于被忽视的状态，直到 1998 年开始重建铁路以运输多式联运的项目。新铁路于2001年开通。

该线路由美国建造，其主要动机是 1849 年加利福尼亚淘金热之后从美国东部到加利福尼亚的客运和货运量大幅增加。美国国会为在沿海运营邮船和客运轮船的公司提供了补贴，并支持了一些资金用于建设始于 1850 年的铁路； 1855 年 1 月 28 日，第一列收费列车全长运行。开通时被称为跨洋铁路，后来也被一些人描述为代表“横贯大陆”的铁路，尽管它只穿越连接大洋洲的狭窄地峡。北美和南美大陆。有一段时间，巴拿马铁路还拥有和经营远洋船舶，分别为美国东海岸和西海岸的几个主要城市提供邮件和客运服务。

成立于 19 世纪时被称为巴拿马铁路公司，今天它以巴拿马运河铁路公司的名义运营（报告标记：PCRC）。自 1998 年以来，它由 Kansas City Southern 和 Mi-Jack Products 共同拥有，并出租给巴拿马政府。巴拿马运河铁路主要致力于货运，但它也在巴拿马城和科隆之间运营客运服务。