El incendio de Skopje comenzó el 26 de octubre de 1689 y duró dos días, quemando gran parte de la ciudad; solo algunas estructuras construidas en piedra, como la fortaleza y algunas iglesias y mezquitas, quedaron relativamente intactas. El fuego tuvo un efecto desastroso en la ciudad: su población se redujo de alrededor de 60.000 a alrededor de 10.000, y perdió su importancia regional como centro comercial. Muchos de ellos se establecieron en la capital imperial, creando el skp mahallesi ("barrio de Skopje" en turco). En 1689, el general austriaco Enea Silvio Piccolomini dirigió un ejército para capturar Kosovo, Bosnia y Macedonia del Imperio Otomano.

Al mismo tiempo, el desarrollo exitoso de Skopje se vio repentinamente interrumpido en 1689 por la entrada del ejército austríaco en Macedonia. Durante el

Guerra austro-turca (1683-1699), las tropas austríacas al mando del general Piccolomini penetraron en un avance imparable hasta el interior de la Turquía europea y, tras tomar la fortaleza de Kaanik, descendieron a la llanura de Skopje. El 25 de octubre de 1689 tomaron Skopje sin mucha lucha, ya que el ejército turco y los habitantes habían abandonado la ciudad. Por orden del general Piccolomini, Skopje fue incendiada y la conflagración duró dos días (26 y 27 de octubre); muchas casas y comercios quedaron destruidos, pero los peores daños se produjeron en el barrio judío de la ciudad, donde quedaron destruidas casi todas las viviendas, dos sinagogas y la escuela judía. Durante la ofensiva de Skopje, el general Piccolomini contrajo y murió de cólera. .

Algunos relatos de estos hechos afirman que Piccolomini arrasó Skopje debido a la incapacidad de sus fuerzas para ocupar y gobernar una ciudad tan lejos de su cuartel general.

Enea Silvio Piccolomini (alemán: Johann Norbert Piccolomini; Estados Pontificios, c. 1650 - Priština o Skopje, Imperio Otomano, 9 de noviembre de 1689) fue un noble sienés cuyo linaje incluía dos papas, y que sirvió en el ejército Habsburgo de Leopoldo I, Santo Emperador romano. Es conocido por liderar una campaña contra los otomanos en Bosnia, Macedonia y Kosovo en 1689, y por incendiar Skopje, la actual capital de la República de Macedonia del Norte.