L'incendie de Skopje a commencé le 26 octobre 1689 et a duré deux jours, brûlant une grande partie de la ville; seules certaines structures en pierre, telles que la forteresse et certaines églises et mosquées, étaient relativement intactes. L'incendie a eu un effet désastreux sur la ville : sa population est passée d'environ 60 000 à environ 10 000 et elle a perdu son importance régionale en tant que centre commercial. Beaucoup d'entre eux se sont installés dans la capitale impériale, créant le skp mahallesi (en turc pour "quartier de Skopje"). En 1689, le général autrichien Enea Silvio Piccolomini a dirigé une armée pour capturer le Kosovo, la Bosnie et la Macédoine à l'Empire ottoman.

Dans le même temps, le succès du développement de Skopje fut soudainement interrompu en 1689 par l'entrée de l'armée autrichienne en Macédoine. Pendant le

Guerre austro-turque (1683-1699), les troupes autrichiennes sous le commandement du général Piccolomini pénétrèrent dans une avance irrésistible loin à l'intérieur de la Turquie européenne et, après avoir pris la forteresse de Kaanik, descendirent dans la plaine de Skopje. Le 25 octobre 1689, ils prennent Skopje sans trop de combat, car l'armée turque et les habitants ont quitté la ville. Sur ordre du général Piccolomini, Skopje fut incendiée et l'incendie dura deux jours (26 et 27 octobre) ; de nombreuses maisons et magasins ont été détruits, mais les pires dégâts se sont produits dans le quartier juif de la ville, où presque toutes les maisons d'habitation, deux synagogues et l'école juive ont été détruites. Au cours de l'offensive de Skopje, le général Piccolomini a contracté et est mort du choléra .

Certains récits de ces événements indiquent que Piccolomini a rasé Skopje en raison de l'incapacité de ses forces à occuper et à gouverner une ville si éloignée de son quartier général.

Enea Silvio Piccolomini ( allemand : Johann Norbert Piccolomini ; États pontificaux , vers 1650 - Priština ou Skopje , Empire ottoman , 9 novembre 1689) était un noble siennois dont la lignée comprenait deux papes et qui servit dans l' armée des Habsbourg de Léopold Ier , Saint Empereur romain. Il est connu pour avoir mené une campagne contre les Ottomans en Bosnie, en Macédoine et au Kosovo en 1689, et pour avoir incendié Skopje, l'actuelle capitale de la République de Macédoine du Nord.